AFAL2: Frecuencia de Aminoácidos Alrededor de Lingando 2

Esta aplicación utiliza el banco de datos de proteínas (PDB) para adquirir información estructural detallada (interacción de aminoácidos, distancias entre el ligando y los aminoácidos) sobre las interacciones entre un ligando dado y sus sitios de unión en diferentes proteínas. El programa busca y analiza todas las estructuras en el PDB que contienen esta molécula en particular para determinar qué aminoácidos están implicados en la unión. Las búsquedas pueden ser especificadas usando una serie de filtros que incluyen la familia de proteínas, organismo fuente y criterios de exclusión cristalográficas como la distancia de revisión.
El usuario puede determinar qué tipo de ligando quiere analizar. Esto permite evaluar cómo los aminoácidos rodean el ligando. Adicionalmente, puede utilizar un filtro de organismo.

Probar AFAL2

Instrucciones de uso:


  1. Seleccione el Ligando de interés usando el código identificador de tres letras. Los Ligandos más comunes están disponibles en el menú desplegable.

  2. Opcionalmente, use el Filtro de la Familia de la Proteína para restringir a ésta su búsqueda. (e.g. Kinase).

  3. Opcionalmente, use el Filtro del Organismo Fuente. (e.g. Homo sapiens).

  4. Defina la distancia en Angstroms (radio) entre el Ligando y el Aminoácido a la porción en la cual se llevará a cabo la revisión. El radio base se encuentra en 3.5 Å.